Mit Leckagen am Container ist immer zu rechnen. Besondere Gefahrenquellen für Leckagen liegen im Dach, im Bereich der Böden und der Containertüren.
Durch das Aufsetzen der Spreader kann es vorkommen, dass diese bei nicht genauer Positionierung neben die Cornercastings auf das Containerdach abgesetzt werden. Dieses Absetzen eines Spreaders auf dem Containerdach kann recht unsanft geschehen, sodass immer die Gefahr der direkten Schäden und der späteren Durchrostung gegeben ist. Bei mehreren Wiederholungen können Beschädigungen am Containerdach vorkommen, und Leckagen sind die Folge, besonders an den dann durchgerosteten Stellen.
Gabelstapler können den Container nach oben ausbeulen, diese Stellen korrodieren, und es kommt zu Leckagen im Bodenbereich.
Häufig entstehen Leckagen im Bereich der Containertüren. So haben sich beispielsweise die Türen eines Kühlcontainers durch Beschädigungen im Containerdach verzogen, wodurch Regenwasser eintreten konnte, sodass im Bereich der Türen eine Eisschicht entstand.
Aber auch undichte Türgummis von Kühlcontainern können zum Eintritt von Regenwasser im Türbereich führen, sodass eine Eisschicht entstehen kann.
Auch undichte Türen bei Standardcontainern führten zu Schimmelschäden beim Malz, der als Deckladung von Europa nach Japan transportiert wurde. Abhilfe wurde dadurch geschaffen, dass man im Bereich der Containertür eine Plastikschürze zum Schutz vor dem Eindringen von Nässe anbrachte.